A partir del pasado 1 de Enero de 2018 los retrasos en el SII están penalizados con una multa debido a un nuevo apartado en el artículo 16 del Real Decreto 2063/2004 de infracciones tributarias por incumplimiento de obligaciones contables y registrales.
El nuevo artículo 16.3 establece las reglas a aplicar en caso de retraso en la obligación de llevar los libros de registros mediante la sede electrónica de la AEAT, entendiendo por retraso el suministro de los registros con posterioridad a la finalización del plazo previsto en la normativa reguladora de la obligación. La sanción, en el caso de retrasos de libros de registro de facturas emitidas y recibidas es de un 0.5% del importe de la factura objeto del registro, con un mínimo trimestral de 300 € y un máximo de 6.000 €. Para la aplicación de este mínimo y máximo se tendrá en cuenta el conjunto de infracciones cometidas en el trimestre natural. También hay una multa fija de 150 € por registro, que corresponde a los retrasos en el suministro de libros de registro de bienes de inversión y de operaciones intracomunitarias.